Anime ini menceritakan kisah enam kanak-kanak yang berkawan baik dan membentuk “Super Peace Busters” bersama-sama. Suatu hari, salah seorang daripada mereka, Menma, meninggal dunia. Kematian Menma membawa perubahan yang besar dalam kehidupan mereka, yang kemudian berpecah untuk menjalani hidup masing-masing.
Beberapa tahun kemudian apabila mereka remaja, Menma muncul semula di hadapan salah seorang daripada mereka, Yadomi Jinta dan meminta permintaannya untuk ditunaikan. Menma sendiri terlupa apa yang dimintanya, tetapi dia yakin permintaannya hanya dapat ditunaikan dengan mengumpulkan anggota Super Busters.
Jinta, satu-satunya yang boleh melihat Menma, meminta rakan-rakan zaman kanak-kanaknya untuk mendapatkan bantuan, tetapi ia tidak begitu mudah, kerana mereka semua telah berubah. Adakah mereka berjaya menunaikan permintaan Menma?
