Shinichi Kudou, pelajar sekolah menengah yang mempunyai bakat luar biasa dalam kerja detektif, terkenal kerana telah menyelesaikan beberapa kes yang mencabar. Suatu hari, apabila Shinichi ternampak dua lelaki yang mencurigakan dan memutuskan untuk mengikut mereka, dia secara tidak sengaja menjadi saksi kepada aktiviti haram yang mengganggu. Malangnya, dia terperangkap dalam perbuatan itu, jadi lelaki itu memberinya ubat eksperimen yang dirumuskan oleh organisasi jenayah mereka, menyebabkan dia mati. Walau bagaimanapun, dengan kehairanan sendiri, Shinichi hidup untuk melihat hari lain, tetapi kini dalam tubuh seorang kanak-kanak berusia tujuh tahun.
Dengan sempurna mengekalkan kecerdasan asalnya, dia menyembunyikan identiti sebenar daripada semua orang, termasuk rakan zaman kanak-kanaknya Ran Mouri dan bapanya, detektif swasta Kogorou Mouri. Untuk tujuan ini, dia mengambil alias Conan Edogawa, yang diilhamkan oleh penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa.
Shinichi, sebagai Conan, mula menyelesaikan kes senior Mouri secara rahsia dari belakang tabir dengan kemahiran menyelinapnya yang masih luar biasa, sambil menyiasat secara rahsia organisasi yang bertanggungjawab terhadap keadaan semasanya, dengan harapan dapat membalikkan kesan dadah itu suatu hari nanti.
