Winter 1996

Kudo Shin-ichi, pelajar sekolah tinggi yang mempunyai bakat luar biasa dalam kerja detektif, terkenal kerana telah menyelesaikan banyak kes yang mencabar. Suatu hari, apabila Shin-ichi ternampak dua orang lelaki yang mencurigakan dan memutuskan untuk mengekori mereka, dia secara tidak sengaja menjadi saksi kepada satu aktiviti haram. Malangnya, dia terperangkap dalam perbuatan itu, dan dipaksa menelan sejenis ubat yang dipercayai boleh membunuhnya. Walau bagaimanapun, Shin-ichi masih hidup, namun kini dalam tubuh seorang kanak-kanak berusia tujuh tahun.

Dengan kecerdasan asalnya, dia menyembunyikan identiti sebenarnya daripada semua orang, termasuk kawan karib sejak dari zaman kanak-kanaknya Mori Ran dan bapanya, penyiasat persendirian Mori Kogoro. Untuk tujuan mencari semula lelaki yang menyebabkan badannya menjadi kecil, dia menggunakan nama palsu Edogawa Conan, bersempena dua orang penulis n0vel misteri terkenal.

Detektif Conan mengikuti kisah Shin-ichi yang sebagai Conan secara rahsia menyelesaikan kes sukar bagi pihak Mori Kogoro dari belakang tabir dengan kemahiran menyelinapnya sambil menyiasat secara rahsia organisasi yang bertanggungjawab terhadap keadaannya sekarang, dengan harapan dapat membalikkan kesan ubat itu suatu hari nanti.