Kembar separuh syaitan Towa dan Setsuna sentiasa bersama, hidup bahagia di Jepun Feudal. Tetapi hari-hari gembira mereka berakhir apabila kebakaran hutan memisahkan mereka dan Towa dibuang melalui portal ke Jepun zaman moden. Di sana, dia ditemui oleh Souta Higurashi, yang membesarkannya sebagai anak perempuannya selepas Towa mendapati dirinya tidak dapat kembali ke zamannya.
Sepuluh tahun kemudian, Towa yang berusia 14 tahun sekarang adalah seorang pelajar yang cuba untuk menyesuaikan diri, walaupun pada hakikatnya dia sering bergaduh. Walau bagaimanapun, masalah yang tidak dijangka tiba di depan pintunya dalam bentuk tiga pelawat dari Jepun Feudal; Moroha, seorang pemburu hadiah; Setsuna, pembunuh syaitan dan saudara kembar Towa yang telah lama hilang; dan Mistress Three-Eys, syaitan yang mencari objek mistik. Bekerja bersama-sama, gadis-gadis itu mengalahkan musuh mereka, tetapi dalam proses itu, Towa mendapati dengan ngerinya bahawa Setsuna langsung tidak mengingatinya. Hanyou no Yashahime: Sengoku Otogizoushi mengikuti pengembaraan tiga gadis itu ketika mereka berusaha untuk memulihkan ingatan Setsuna, serta menemui kebenaran tentang takdir mereka yang berkaitan.
