Raksasa aneh seperti Godzilla yang dipanggil “kaijuu” telah muncul di seluruh Jepun selama bertahun-tahun. Untuk memerangi kaijuu, unit tentera elit yang dikenali sebagai Angkatan Pertahanan mempertaruhkan nyawa mereka setiap hari untuk melindungi orang awam. Sebaik sahaja kaijuu dibunuh, para pekerja pembersihan di bawah Perbadanan Pembersihan Kaijuu Profesional menjalankan tugas membersih bangkai.
Kafka Hibino, seorang lelaki berusia 32 tahun, tidak berpuas hati dengan kerjayanya sebagai tukang bersih. Sejak kecil, dia bercita-cita untuk menyertai Angkatan Pertahanan dan membunuh kaijuu. Walau bagaimanapun, selepas beberapa kali gagal ujian, dia menyerah dan hidup secara sederhana. Namun begitu, apabila seorang rekrut berusia 18 tahun yang bercita-cita tinggi bernama Leno Ichikawa menyertai pasukannya, Kafka sekali lagi bersemangat untuk menyertai Angkatan Pertahanan.
Berikutan rangkaian peristiwa malang dan interaksi dengan juniornya, Kafka bertemu dengan kaijuu jenis parasit yang memasuki mulutnya secara paksa—menjadikannya raksasa humanoid. Dengan kuasa barunya, Kafka berhasrat untuk merealisasikan impian seumur hidupnya itu.
