Seorang pelajar perempuan sekolah tinggi bernama Mitsuha Miyamizu tinggal di sebuah desa rekaan bernama Itomori di kawasan pergunungan daerah Hida, Jepun. Dia berasa bosan hidup di desa dan impikan dapat hidup sebagai seorang lelaki kacak dalam hidupnya yang seterusnya. Mitsuha mula bertukar jasad berkali-kali dengan Taki Tachibana, seorang pelajar lelaki sekolah tinggi di Tokyo, apabila mereka bangun.
Mereka berkomunikasi antara satu sama lain dengan menulis pesanan pada kertas, telefon mereka, dan pada badan mereka sendiri. Mitsuha cetuskan hubungan antara Taki dengan rakan sekerjanya Miki, sementara Taki menjadikan Mitsuha semakin popular di sekolah sehingga budak-budak lelaki takut dengannya dan perempuan jatuh cinta dengannya.
