Terdapat kehilangan besar-besaran di seluruh dunia. Rena dan Shinjirou turut hilang serentak.
Selepas kejadian ini, wartawan bebas, Kotaro Higashi telah menyiasat kes misteri ini. Orang asing di sebalik kes ini ialah organisasi pengganas Dark Star. Mereka menghantar mesej kepada penduduk Bumi. “Berikan kami separuh daripada Bumi, atau korbankan separuh daripada penduduknya… buat pilihan kamu!”.
Pada masa yang sama, Rena dan Shinjirou yang baru hilang telah diteleportasikan ke kapal Dark Star yang mengorbit Bumi.
